Vzdělávání je jedním z hlavních poslání společnosti. Comenius se proto angažuje, spolupracuje či sám řídí celou řadu vzdělávacích programů a projektů. Cílem přitom je nejenom rozvoj vzdělanosti se zaměřením na vybrané množiny české společnosti, ale také metodická pomoc českým vzdělávacím institucím.
Comenius se podílel či podílí například na následujících programech:
Vzdělávání na pracovišti - zahájen v roce 1992 s cílem poskytovat vzdělání přímo v pracovním kolektivu. V rámci tohoto programu byli mladí lidé na období 3 měsíců až 1 roku umisťováni do zahraničních společností a tak se seznámili s novou pracovní etikou a prostředím ve firmě.
AuTIP -zaměřen na proškolování a další vzdělávání pedagogických pracovníků, podílejících se na výchově a vzdělávání dětí s autismem s cílem rozvinout pedagogické kompetence při vzdělávání, přípravě a tvorbě individuálních programů pro děti s autismem, a to jak u pedagogů ZŠ, tak i učitelů MŠ a odborných pracovníků NNO.
Manažersko-ekonomická škola - poskytne rozšířené znalosti a vědomosti z oblasti ekonomické, právní, manažerské a personalistické, určen pro absolventy vysokých škol neekonomického směru, respektive absolventy středních všeobecně-vzdělávacích škol zastávajících střední manažerskou pozici, bude se také realizovat v regionech.
Kulturně-vzdělávací pořady na Bertramce - výchovné koncerty včetně prohlídky expozice v muzeu W.A. Mozarta a odborné přednášky s cílem netradiční formou přiblížit a představit vážnou hudbu studentům středních a základních škol.
Comenius rovněž aktivně podpořil projekt zřízení veřejné knihovny a vzdělávacího centra v Praze a rozvoj multimediálních vzdělávacích systémů.